1、無塵室的清潔工作應在每天結束前及製程操作結束後進行。
2、無塵室空調系統運轉中應進行清洗。
3、清洗後，空調系統將繼續運行，直到恢復所需的潔淨度等級，一般不少於無塵室的自潔時間。
4.掃地拖把、抹布不宜採用易去除的布料。它們一般可以由長纖維材料或聚氨酯海綿製成。
5.為防止交叉污染，不同潔淨度等級的無塵室應有各自專用的清潔用品，垃圾應裝入防塵袋（塑膠袋）內倒出。
6.無塵室清潔洗滌劑可依每公升水加入30克中性殘留液體洗滌劑配製。
7.清洗高級無塵室應使用純水代替自來水。使用的消毒劑應定期更換，以防止微生物對抗生素產生抗藥性。
8.大型物品移入無塵室時，應在一般環境中先用吸塵器進行清潔，然後在準潔淨室中用吸塵器或擦拭方法進一步處理。潔淨室淨化系統停止運作期間，不允許將大型物體移入無塵室。
9.需帶入無塵室的小物品應先在準潔淨室擦拭、清潔，再透過傳遞窗帶入或放入搬運箱內。
10.潔淨室內的消防設備、安全門、安全通道應有明顯標誌，工作人員應熟悉其位置。安全門必須隨時打開，安全通道內不得堆疊雜物。應定期檢查安全消防設施。
11.當無塵室發生火災警報時，應立即發出警報，關閉風機及無塵室內所有設備，切斷電源及可燃氣體通路。（系統及裝有消防閥或消防開關的火災警報器會自動關閉風扇，事後需手動重設。

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