潔淨室的潔淨度常受到氣流的影響。也就是說，人、機器艙、建築結構產生的粉塵的移動和擴散都是以氣流為主的。
潔淨室採用HEPA和ULPA對空氣進行過濾，其集塵率高達99.97~99.99995%，所以經過這種過濾器過濾後的空氣可以說是非常乾淨的。 然而，潔淨室中除了人之外，還有灰塵的來源，例如機器。產生的灰塵一旦擴散，就無法維持潔淨空間。因此必須利用氣流將產生的粉塵快速排出室外。
風速控制
無塵室的氣流是影響無塵室性能的重要因素。一般無塵室的氣流速度選擇在0.25~0.5m/s之間。此氣流速度屬於微風區域，易受人、機器等乾擾，容易混亂。，雖然增加風速可以抑制這種擾動的影響，保持清潔度，但風速的增加會影響運行成本的增加。因此，在滿足所要求的潔淨度等級的情況下，應能以最適當的風速供水。實現適當的風速供應，達到經濟效果。
另一方面，為了達到無塵室潔淨度穩定的效果，均勻氣流的維持也是重要因素。如果無法保持均勻的氣流，則表示風速不同。特別是在牆壁上，氣流會沿著牆壁產生渦流。要達到高潔淨度其實是非常困難的。
為了保持垂直層流方向的氣流均勻，必須是：
(A)吹面風速不得有快慢差異；
(B)地板回風板吸風面風速不應有差異。如果速度太低或太高（0.2m/s、0.7m/s），就會產生渦流。在0.5m/s的速度下，氣流更加均勻。一般潔淨室的風速為0.25~0.5m。/s 之間。
影響因素
影響無塵室氣流的因素很多，如製程設備、人員、無塵室組裝材料、照明器具等，同時也應考慮生產設備上方氣流的導流點。
一般操作台或生產設備表面的氣流導流點應位於無塵室空間與無塵室隔間牆之間的距離處 2/3，以便操作人員工作時氣流能夠從製程區域內部流向工作區域。灰塵被帶走；如果導流點設置在製程區域的前面，就會成為不當的氣流導流。此時，大部分氣流將流向製程區域，而操作人員操作產生的粉塵將被帶到設備後方。這樣一來，台灣就會受到污染，良率必然下降。
潔淨室內的工作台等障礙物在連接處會產生渦流，其附近的潔淨度會比較差。在工作台上鑽回氣孔，可以最大限度地減少渦流；組裝材料的選擇是否適當、設備佈局是否完善，也是氣流是否形成渦流現象的重要因素。
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