1、無塵室的清潔應在一天工作結束前及工序作業結束後進行。
2、無塵室空調系統運轉中應進行清洗。
3.清潔結束後，空調系統繼續運行，直到恢復到所要求的潔淨度級別，一般不小於無塵室自清潔的時間。
4.掃地拖把、抹布不宜採用容易脫落的布料，一般可採用長纖維材料或聚氨酯海綿製作。
5.為防止交叉污染，不同潔淨度等級的無塵室應有各自專用的清潔用品，垃圾應裝入防塵袋（塑膠袋）內帶出。
6.無塵室清潔洗滌劑可依每公升水添加30克中性殘留液體洗滌劑來製備。
7.高等級無塵室的清潔應使用純水代替自來水，並定期更換所使用的消毒劑，以防止微生物對抗生素產生抗藥性。
8.大型物件搬入無塵室時，應先在一般環境下用吸塵器吸塵，再在準潔淨室內用吸塵器或擦拭的方式進一步處理。在無塵室淨化系統停止運作期間，不得將大型物件搬入無塵室。
9.需要帶入無塵室的小件物品，應先在準潔淨室內擦拭、清洗乾淨後，透過傳遞窗帶入或放入搬運箱內。
10、潔淨室內的消防設備、安全門、安全通道等應有明顯標識，工作人員應熟悉其位置。安全門必須隨時打開，安全通道內不得堆疊雜物。安全消防設施應定期檢查。
11.無塵室發生火災警報時，應立即發出警報，關閉風機及無塵室內所有設備，並切斷電源及可燃氣體通路。 （設有防火閥或防火開關的系統及火災警報裝置，會自動關閉風扇，事後需手動重設。）

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